Mikroorganizmi sudjeluju u procesima kruženja tvari u prirodi, pri čemu organske tvari prelaze u mineralne i obratno. Procesi mineralizacije/imobilizacije u zemlji vrlo su složeni i dinamični. Primjena većih količina mineralnih gnojiva često ima za posljedicu nedovoljnu iskorištenost gnojiva od strane biljaka uslijed procesa imobilizacije (upijanja hranljivih elemenata od strane mikroorganizama), isparavanja, ispiranja, denitrifikacije. Ovim se procesima trajno ili privremeno gubi značajna količina pristupačnog dušika iz tla, što je nepovoljno kako s aspekta ishrane biljaka tako i iz ekonomskih razloga.
